1. Je hebt een masterdiploma in Bio-informatica en/of een ander relevant diploma met diepgaande kennis en ervaring in bio-informatica (bv. master in Biomedische Wetenschappen) of je bent gelijkwaardig door ervaring.
2. Je hebt de motivatie en ambitie om een persoonlijke bijdrage te leveren aan single-cell omics-onderzoek
3. Je hebt ervaring met bio-informaticamethoden voor next-generation DNA- en/of RNA-sequentieanalyses
4. Je hebt ervaring met het creëren en implementeren van dataworkflows (bv. Snakemake, Nextflow)
5. Je hebt ervaring met het maken en gebruiken van gecontaineriseerde computeromgevingen (bv. Docker, Singularity)
6. Je hebt ervaring met software draaien op een krachtige computercluster of Cloud-omgeving
7. Werkvaardigheid in UNIX/Linux
8. Vaardigheid in het programmeren van R- en Python-scripts
9. Je hebt kennis van humane moleculaire genetica, genomica, epigenomica, transcriptomica en/of next-generation sequencing technologieën
10. Ervaring met HTML en ontwikkeling van websites
11. Je bezit uitstekende kritische en probleemoplossende vaardigheden
12. Je bezit sterke communicatieve vaardigheden die toelaten om complexe problemen te verduidelijken en complexe informatie over te brengen aan personen met verschillende technische kennisniveaus
13. Je kan inventief zijn en bent in staat om nieuwe ideeën te presenteren op het gebied van methodeontwikkeling, data-analyse en interpretatie
14. Je kan zelfstandig en als teamlid werken
15. Je hebt aantoonbare ervaring binnen onderzoek, zoals bijdrage aan publicaties, etc.
Bijkomende gewenste vaardigheden en ervaring:
16. Ervaring met single-cell multi-omics-analyse en de ontwikkeling van computationele methoden
17. Kennis van statistische modellering, in het bijzonder Bayesiaanse modellering (gebruikmakend van STAN en/of PyMC).
18. Kennis van klassieke en/of deep machine learning-methoden
19. Ervaring met spatiale transcriptomica en/of multi-omics analyses en de ontwikkeling van gerelateerde computationele methoden
20. Je bent verantwoordelijk voor het ontwikkelen van methoden om met grote hoeveelheden data om te gaan en om deze data te interpreteren. Daarom zijn goede programmeervaardigheden vereist om een eigen systeem te ontwikkelen of om een commercieel pakket te gebruiken en op maat aan te passen
21. Je bent verantwoordelijk voor het leveren van bio-informatica expertise, het uitvoeren van analyses en de technische implementatie daarvan in projecten met betrekking tot single-cell (epi)genomische en transcriptomische gegevensverwerking en -beheer. Hiernaast zal je ook training en coaching geven aan gebruikers (laboratoriumtechnologen, doctorandi, postdocs, ...) in ons eigen labo en daarbuiten
22. Je werkt nauw samen met andere onderzoekers en speelt een belangrijke rol bij het opzetten van nieuwe experimenten
23. Je zoekt proactief in wetenschappelijke literatuur naar input om nieuwe methoden te ontwikkelen, te testen en te valideren. Je volgt nieuwe (internationale) ontwikkelingen in het vakgebied op, om zo expert te blijven in deze snel evoluerende discipline
24. Je maakt deel uit van departementsoverschrijdende expertisegroepen
25. Je bent co-auteur van wetenschappelijke publicaties en schrijft ook wetenschappelijke bijdragen
26. Je bezorgt informatie aan externe partijen (bv. projectaanvragers) over de kwaliteit en beschikbaarheid van data en resultaten, en je hebt een adviserende rol bij de toe te passen verwerkingsmethoden
27. Je zal een expertfunctie opnemen in het KU Leuven Instituut voor Single Cell Omics (LISCO) wat de bio-informaticatoepassingen van het team betreft en je zal deze actief ontwikkelen
Meest uitdagende aspecten van de rol:Het opzetten van analysepijplijnen voor single-cell (multi)omics vereist een hoge mate van innovatief redeneren, diepgaande kennis van en creativiteit met computationele methoden, alsook sterke gegevensinterpretatie en probleemoplossende vaardigheden. Aangezien het veld snel evolueert, is jouw motivatie om de modernste analysemethoden (bv. machine learning) te leren en bij te houden van groot belang. Een hoge nauwkeurigheid in je werk en een nauwe coördinatie en efficiënte communicatie met andere teamleden en teams zijn van cruciaal belang om de doelstellingen van de belangrijke biologische projecten te bereiken.Er is een vacature beschikbaar voor een bio-informaticus aan het Centrum voor Menselijke Erfelijkheid, KU Leuven, in de groep van Prof. Thierry Voet. In deze functie ben je verantwoordelijk voor de ontwikkeling, implementatie en toepassing van data-analyse strategieën voor single-cell (multi-)omics data. Je past deze strategieën toe voor de studie van verschillende biologische domeinen, gaande van menselijke ontwikkeling, veroudering tot ziekte. Door genomische, epigenomische en transcriptomische gegevens van individuele cellen te integreren met behulp van de modernste bio-informaticamethoden, willen we belangrijke fundamentele biologische vragen beantwoorden.Het team van prof. Thierry Voet is een zeer multidisciplinair team dat geavanceerde moleculair-biologische en computationele methoden ontwikkelt en gebruikt om individuele cellen te bestuderen, met als doel de celbiologie van zowel menselijke ontwikkeling, veroudering als ziekte te begrijpen. Je zal een sleutelrol spelen bij het opzetten van innovatieve analytische pijplijnen voor single-cell multi-omics data-analyse en interpretatie. Het team draagt ook bij aan het onderzoek van grootschalige internationale projecten en is mede-oprichter van het KU Leuven Instituut voor Single Cell Omics.Ben je onmiddellijk inzetbaar in alle opdrachten van deze functie dan start je in graad 7. Beloftevolle kandidaten die nog niet alle opdrachten meteen kunnen opnemen of nog een specifiek opleidingstraject moeten doorlopen starten in graad 6. Graad 8 is uitzonderlijk weggelegd voor kandidaten die reeds van bij de start, omwille van doorgedreven kennis en ervaring, extra verantwoordelijkheden kunnen opnemen. We bieden een contract van bepaalde duur (1 jaar), met een reële kans op verlenging naar een contract van onbepaalde duur. We beogen een voltijdse tewerkstelling.Je komt terecht in een internationale en dynamische omgeving met de meest up-to-date infrastructuur. KU Leuven biedt een breed pakket aan extra-legale voordelen aan, zoals: hospitalisatie- & groepsverzekering, gratis openbaar vervoer, (e)-bike, kortingen in lokale winkels, ecocheques, extra vakantiedagen, etc.